I Filangeri discendevano da Angerio, cavaliere normanno. I Suoi figli vennero chiamati Filii Angeri, poi Filangeri. Giuseppe discendeva dai Filangeri di San Marco e divenne il capostipite dei Filangeri di Cutò, il cui casato venne rappresentato da una corona principesca, soprastante un’aquila bicipite con ali spiegate. Sul petto dell’aquila nove campane, poste a forma di croce, ricordavano le campane suonate dai Filangeri nella rivolta del Vespro Siciliano. Vennero allora costruite la chiesa di Santa Maria delle Grazie, che, nel 1628, divenne la prima Madrice, la chiesetta di Sant’Andrea, ad uso cimitero, là dove poi sorse il Convento dei Padri Riformati e altri edifici pubblici. La casa dei Giudici e dei Giurati sorse dove poi ci fu il Municipio. Su di essa vennero posti due acroteri, rappresentanti le due compatrone del paese: Santa Margherita e Santa Rosalia.
Morto Giuseppe Filangeri la baronia passò al figlio Francesco. Sua madre, Elisabetta Corbera, nel 1622 ottenne dal vescovo di Girgenti di trasferire in Santa Margherita un crocifisso esistente nella chiesa di San Nicolò di Adragna, di proprietà di Cola Carasco, venuto ad abitare nel nostro comune. E’ da presumere che sia stato posto nella chiesa di San Nicolò di Santa Margherita, forse costruita nelle vicinanze del palazzo baronale a cura dello stesso Cola Carasco e che risulta sia stata demolita nel 1888. Francesco morì nel 1626. Gli successe il fratello Girolamo il quale dovette sostenere una lunga lite con la cugina Maria Paternò Corbera che rivendicava la baronia. La lite si concluse con l’attribuzione a Girolamo Filangeri dei feudi: Santa Margherita comprendente l’abitato, Gulfa e Comuni e a Maria Paternò Corbera dei feudi Cannitello, Gulfotta, Ficarazzi, Aquila, Serafino, Gipponeri, Adrigna e Carcara. Nel 1635 Maria Paternò Corbera vendette i feudi Adrigna, Serafino e Gipponeri a Donna Girolama Xirotta che vi fece costruire, nel feudo Gipponeri, il paese di Montevago.
Con Girolamo I Filangeri il paese cominciò a prendere una vera consistenza e vennero fatte nuove concessioni di terreno. Sicché nel 1653 il paese contava 1203 abitanti. Altre concessioni fecero i Gerbino sui feudi Gulfotta e Cannitello.